Kontracepcijske pilule se standardno koriste prije planiranog postupka potpomognute oplodnje, osobito prije planiranog IVF/ICSI-a u dugom protokolu. Jedan razlog tome jest to što se u dugom protokolu liječenje GnRh agonistima započinje 7 dana prije planirane menstruacije. Bez obzira što je malo izgledna, u to je vrijeme ciklusa moguća trudnoća koja se nikakvim metodama ne može otkriti, te se između ostalog kontraceptivi daju da se ne desi da pacijentica uzima GnRh agoniste u vrijeme rane trudnoće.
Drugi i uobičajeniji razlog je planiranje postupka tako da vrijeme postupka odgovara i pacijentici i ustanovi. Budući da kod uzimanja pilula krvarenje nastupa prilično predvidljivo nakon zadnje uzete pilule, lako je planirati. Pacijentica uzima pilule kroz neko određeno vrijeme, sve do dana kada u dogovoru sa ustanovom prestaje, te počinje stimulacija.
Ponekad pacijentica počinje uzimati GnRh agoniste i prije prestanka uzimanja pilula, uobičajeno 21-og dana ciklusa.