Kada se postupkom izvantjelesne oplodnje dobije više od dva do tri vitalna embrija, višak embrija se postupkom kontroliranog zamrzavanja može čuvati za kasnije embriotransfere. Ovu je mogućnost novi hrvatski zakon o medicinskoj oplodnji ograničio samo na slučajeve u kojima bi u slučaju embriotransfera u aktualnom ciklusu bio ugrožen život žene.

Embriji se smrzavaju (vitrificiraju) na -196 stupnjeva. Postupak zamrzavanja i odmrzavanja je strogo kontroliran, kako ne bi došlo do oštećenja ili gubitka embrija. Zamrznuti embriji čuvaju se u specijalnim laboratorijskim posudama, smješteni u tekućem dušiku. Za svaki embrio posebno je zapisano njegovo porijeklo, faza diobe u kojoj se nalazi i točno vrijeme i datum zamrzavanja.

Embriji se čuvaju u zamrznutom stanju sve dok par ne zatraži njihovu uporabu. Kad ordinirajući ginekolog pripremi sluznicu matemice za prihvat embrija i ultrazvučnim pregledom procijeni da su stečeni uvjeti za embriotransfer, pristupa se kontroliranom odmrzavanju potrebnog broja embrija. Važno je znati da svi dobiveni embriji nisu odgovarajuće kvalitete za kontrolirano zamrzavanje i odmrzavanje, te ne moraju preživjeti proces zamrzavanja i odmrzavanja (20-30% embrija).